El Programa de Derechos Humanos y Tolerancia se enfocará primordialmente en desarrollar diversas campañas sociales y de sensibilización para promover la libertad de los derechos y deberes que poseen todos los ciudadanos de los países participantes de la Convención Internacional de Derechos Humanos. El propósito de este programa se fundamenta en los sectores más desfavorecidos de la sociedad, las personas excluidas y que padecen en mayor grado las violaciones de los derechos humanos. Para ello, la Fundación Alternativa, organizará delegaciones y comités territoriales en defensa de sus derechos, así como también promoverá la práctica de la tolerancia y la accesibilidad a las normas legales del estado y sus inclusiones en la libertad de expresión. Los componentes principales de estas acciones se concentrarán específicamente en áreas fundamentales como: la solidaridad, educación, marginación, legalidad y protección ciudadana, entre otros. Igualmente, se promoverán cursos de formación a los diferentes líderes comunitarios en defensa de sus derechos.